农家肥是指农民自行将粪便、厩肥或农作物秸秆等堆制而成的有机肥料。二者之间的区别:

        一，是有益微生物差异。 生物有机肥含有大量的有益微生物, 能够改善土壤的理化性状, 抑制有害微生物的生长, 促进作物生长; 农家肥微生物含量较少, 有益微生物和有害微生物共生。

       二，是肥效较差。 生物有机肥发酵时间短, 腐熟彻底, 养分损失少, 肥效相对较快; 农家肥露天长期堆制, 养分特别是氮素养分损失较多。

       三，是安全性差异。 生物有机肥经过有益微生物的作用, 基本消灭了畜禽粪便中原有的对作物有害的虫卵和病原菌; 农家肥自然发酵, 不受人为因素的控制, 内含对作物生长有害的病虫。 另外, 生物有机肥经过发酵, 充分腐熟后施入土壤, 不会造成作物烧根烧苗, 而农家肥腐熟不彻底, 用量稍大, 就会出现烧根烧苗, 导致减产。