果园多年不施有机肥和浅施无机肥，造成土壤板结，存氧量差，根系生长缓慢。土壤pH值发生变化。除草剂在土壤中的残留直接破坏了土壤的团粒结构使土壤中的微生物死亡。果园施用有机菌肥后，微生物被残留的除草剂等物质杀害，土壤中没有足够的微生物使菌肥发酵繁衍而形成有效的菌群，阻碍了肥效的发挥。果园要正确选择除草剂，既要能除草，又在土壤中残留时间短，对土壤中微生物和土壤团粒结构没有太大的破坏。重视有机肥的施用，改良土壤得3～5年。
土壤中有机物不足；
施用有机菌肥的关键要不断培养土壤中的微生物。土壤中有足够的有机物或腐殖质时才能被微生物菌利用，进而使土壤微生物快速繁衍，激活营养元素。实行果园生草制。草长到15厘米不到20厘米时割刈，一年反复进行覆盖地面，两年全园普翻一次以利提高果园腐殖质的含量。
微生物菌在土壤中作用主要是产生各种酶，分解各种养分，产生各种酸和二氧化碳，给作物提供更多养分。而微生物菌要成活和繁殖，土壤中要有足够的有机质才行。
其实土壤中微生物也很多，数量也很大，大部分微生物对作物的生长发育、土壤的团粒结构、物质循环都有很大影响。还能分解有机质和矿物质，释放出营养元素供作物吸收利用。
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